Dự án có tất cả 29 gói thầu, trong đó có 16 gói thầu tư vấn (đã hoàn thành 09/16 gói và 01/16 gói phải chấm dứt); 03 gói thầu mua sắm (đã hoàn thành); và 01 gói thầu rà phá bom mìn bổ sung (đã hoàn thành); 09 gói thầu xây lắp (đã hoàn thành 07 gói là XL-01, XL-03A, XL-04, XL-05, XL-06, XL-07 và XL-08, chấm dứt hợp đồng 01 gói (XL-03). Tiến độ chung của dự án tính đến ngày 15 tháng 10 năm 2025 đạt 78%. Tình trạng thực hiện các gói thầu còn lại như sau:

• Gói thầu XL-03A: Nhà thầu là Công ty Cổ phần Xây dựng số 5 đã thi công hoàn thành công trình vào ngày 31 tháng 7 năm 2025. Hiện Ban Quản lý dự án Hạ tầng và Nhà thầu đã đồng ý bổ sung đoạn cống đấu nối từ hố ga HG 4-35 thuộc gói thầu XL-04 vào Giếng S₂₀ thuộc Gói thầu XL-01 vào phạm vi công việc của Hợp đồng XL-03A. Theo đó, Nhà thầu đang hoàn chỉnh Thiết kế bản vẽ thi công và dự toán để trình phê duyệt trước khi ký kết Phụ lục hợp đồng.
• Gói thầu XL-02: Thiết kế – Thi công – Vận hành (DBO) Nhà máy xử lý nước thải Nhiêu Lộc - Thị Nghè do Liên danh ACCIONA – VINCI (Tây Ban Nha - Pháp) thi công với giá trị hợp đồng tương đương 5.468 tỷ VND. Theo kế hoạch thi công Phiên bản G, công tác xây dựng Nhà máy phải hoàn thành trước ngày 30 tháng 9 năm 2025. Tuy nhiên, theo báo cáo của Nhà thầu, giá trị khối lượng hoàn thành đến ngày 30 tháng 9 năm 2025 đạt khoảng 68% giá trị hợp đồng, tiến độ thời gian đang bị chậm trễ khoảng 12 tháng dẫn đến ngày hoàn thành công tác xây dựng Nhà máy bị kéo dài đến khoảng tháng 9 năm 2026.